marque la cláusula from, ¿es el nombre de su colección? Usé el nombre del esquema en lugar del nombre de la colección, lo que da como resultado un resultado vacío.
{$lookup:
{
from: 'classes', //check this
localField: 'owner',//**String**
foreignField: '_id', //**ObjectId**
as: 'classes'
}
}