Creo que hay cierta confusión aquí.
mongod es el "Mongo Daemon" es básicamente el proceso de host para la base de datos. Cuando inicias mongod básicamente estás diciendo "iniciar el proceso de MongoDB y ejecutarlo en segundo plano" . mongod tiene varios parámetros predeterminados, como almacenar datos en /data/db y ejecutándose en el puerto 27017.
mongo es el shell de línea de comandos que se conecta a una instancia específica de mongod . Cuando ejecutas mongo sin parámetros, por defecto se conecta al servidor local en el puerto 27017. Si ejecuta mongo contra una combinación inválida de máquina:puerto, entonces no podrá conectarse (y se lo dirá).
Idealmente, cuando haga algo más que "jugar", usará los parámetros de la línea de comando para iniciar mongod . Por la misma medida debe iniciar el mongo shell con instrucciones explícitas.
Según su descripción, creo que puede encontrarse con un problema relacionado con el uso de bases de datos predeterminadas. Intenta iniciar mongo con lo siguiente (donde dbname es el nombre de su base de datos)
./mongo localhost:27017/dbname
