Parece que no hay forma de excluir un campo (como _id ) utilizando mongoexport.
Aquí hay una alternativa que me ha funcionado en bases de datos de tamaño moderado:
mongo myserver/mydb --quiet --eval "db.mycoll.find({}, {_id:0}).forEach(printjson);" > out.txt
En una base de datos grande (muchos millones de registros) puede tomar un tiempo y ejecutar esto afectará otras operaciones que la gente intente hacer en el sistema:
