Dada una lista de ID, ¿cuál es la mejor manera de consultar qué ID no existen en la colección?

Supongo que tienes los siguientes documentos en tu colección:

{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618bb"), "id" : 1 }
{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618bc"), "id" : 2 }
{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618bd"), "id" : 3 }
{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618be"), "id" : 4 }
{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618bf"), "id" : 5 }
{ "_id" : ObjectId("55b725fd7279ca22edb618c0"), "id" : 6 }

y la siguiente lista de id

var listId = [ 1, 3, 7, 9, 8, 35 ];

Podemos usar el .filter método para devolver la matriz de ids eso no está en tu colección.

var result = listId.filter(function(el){
    return db.collection.distinct('id').indexOf(el) == -1; });

Esto produce

[ 7, 9, 8, 35 ] 

Ahora también puede usar los marcos de agregación y el $setDifference operador.

db.collection.aggregate([
   { "$group": { "_id": null, "ids": { "$addToSet": "$id" }}}, 
   { "$project" : { "missingIds": { "$setDifference": [ listId, "$ids" ]}, "_id": 0 }}
])

Esto produce:

{ "missingIds" : [ 7, 9, 8, 35 ] }