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¿Cómo cambiar el orden de la matriz con MongoDB?

Como dijo @blakes-seven, tienes dos formas de hacerlo:

Agarrar, actualizar y empujar

db.images.find({ _id: '' }, { images : 1 })
.then(function(img) {
  var tmpImg = img.images[0];
  img.images[0] = img.images[1];
  img.images[1] = tmpImg;

  db.images.update({ _id: img._id }, { $set: { images: img.images } });
})

Actualizando directamente (si tiene la imagen en el cliente y conoce los índices), usando $position

db.images.update({ _id: '' }, { $push: { images: { $each: ['img2'] }, $position: 0 } } } )
.then(function() {
  db.images.update({ _id: '' }, {$unset: {'images.2': 1}})
});

https://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/update/position/

Sin embargo, creo que deberías rediseñar la forma en que almacenas tus imágenes, usando por ejemplo un pedido virtual:

{
  images: [
    { base64: 'img1', order: 0, _id: 'img1' },
    { base64: 'img2', order: 1, _id: 'img2' },
    { base64: 'img3', order: 2, _id: 'img3' }
  ]
}

De esta manera, puede ordenar sus imágenes usando un índice de orden virtual, actualizándolas usando solo el _id, o actualizando toda la colección cambiando el orden de todos los img2, descartando o reemplazando una imagen, etc.