Como dijo @blakes-seven, tienes dos formas de hacerlo:
Agarrar, actualizar y empujar
db.images.find({ _id: '' }, { images : 1 })
.then(function(img) {
var tmpImg = img.images[0];
img.images[0] = img.images[1];
img.images[1] = tmpImg;
db.images.update({ _id: img._id }, { $set: { images: img.images } });
})
Actualizando directamente (si tiene la imagen en el cliente y conoce los índices), usando $position
db.images.update({ _id: '' }, { $push: { images: { $each: ['img2'] }, $position: 0 } } } )
.then(function() {
db.images.update({ _id: '' }, {$unset: {'images.2': 1}})
});
https://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/update/position/
Sin embargo, creo que deberías rediseñar la forma en que almacenas tus imágenes, usando por ejemplo un pedido virtual:
{
images: [
{ base64: 'img1', order: 0, _id: 'img1' },
{ base64: 'img2', order: 1, _id: 'img2' },
{ base64: 'img3', order: 2, _id: 'img3' }
]
}
De esta manera, puede ordenar sus imágenes usando un índice de orden virtual, actualizándolas usando solo el _id, o actualizando toda la colección cambiando el orden de todos los img2, descartando o reemplazando una imagen, etc.