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Una publicación oculta campos anidados de otra publicación

Esto no es un error, es una limitación conocida del MergeBox del meteorito. Es uno de esos problemas confusos que molestan a la mayoría de los desarrolladores de meteoritos una vez.

De los documentos:

Si más de una suscripción envía valores en conflicto para un campo (mismo nombre de colección, ID de documento y nombre de campo), entonces el valor en el cliente será uno de los valores publicados, elegido arbitrariamente.

Puede ver esta publicación para posibles soluciones. En su ejemplo, podría modifique su publicación para que se vea como:

Meteor.publish 'fooList', ->
  Foo.find {}, fields: foo: 1, bar: 1

Eso publicaría toda la bar de nivel superior campo que evita el conflicto pero puede no ser aceptable en su caso de uso particular.