Como referencia, GeoJSON es compatible oficialmente con Mongoose 3.6
Consulte las notas de la versión aquí.
Ejemplo (de los documentos):
new Schema({ loc: { type: [Number], index: '2dsphere'}})
... entonces ...
var geojsonPoly = { type: 'Polygon', coordinates: [[[-5,-5], ['-5',5], [5,5], [5,-5],[-5,'-5']]] }
Model.find({ loc: { $within: { $geometry: geojsonPoly }}})
// or
Model.where('loc').within.geometry(geojsonPoly)