Lo que está haciendo es la mejor y más óptima forma de hacerlo en Mongo. Estoy en una situación similar y después de pasar por todas las implementaciones posibles del patrón de diseño N:M, también he llegado a esta misma solución.
Aparentemente, esto no es una cosa de mongodb, sino más bien un concepto de NoSQL, en el que los datos menos cambiantes (Cursos) se pueden mantener por separado. Y dado que eliminar un curso no será una operación muy frecuente, es factible revisar todos los registros para eliminarlo.
Por otro lado, podría dejarlo como está. En la lógica de su aplicación, simplemente ignore los valores de los Cursos en el documento del Estudiante que no tienen una referencia_id en absoluto en el documento del Curso. Pero en ese caso, debe asegurarse de que los Course_id antiguos eliminados no se reutilicen.
O simplemente use las banderas eliminadas en el documento del curso y maneje todo lo demás en la lógica de su aplicación.
