mongorestore solo eliminará la colección existente si usa --drop argumento.
Si no usa --drop , todos los documentos se insertarán en la colección existente, a menos que un documento con el mismo _id ya existe. Documentos con el mismo _id se omitirán, no se fusionarán. Así que mongorestore nunca borrará ni modificará ninguno de los datos existentes por defecto.