Sí, puede obtener la lista de bases de datos existentes. Desde el controlador de Java, podría hacer algo como esto para obtener los nombres de la base de datos en un mongod servidor ejecutándose en localhost
Mongo mongo = new Mongo( "127.0.0.1", 27017 );
List<String> databaseNames = mongo.getDatabaseNames();
Esto es equivalente al comando "show dbs" de mongo shell. Estoy seguro de que existen métodos similares en todos los controladores.
