Prueba $unset en una llamada a update() .
Así:
db.collection_name.update({ _id: 1234 }, { $unset : { description : 1} })
Y, como comentó vikneshwar, si desea eliminar un campo de todos (o varios) documentos, puede usar updateMany() así:
db.collection_name.updateMany({}, { $unset : { description : 1} })
