Puede agregar una consulta a su declaración de actualización:
db.foo.update({'title.de': {$exists : false}}, {$set: {'title.de': ''}})
Actualizar
Para su pregunta modificada, mi solución se ve así:¿funcionaría para usted? (Si no, ¿por qué?)
db.foo.update({site_id: 'xxx', 'title.de': {$exists : false}}, {$set: {'title.de': ''}, {multi: true})
db.foo.update({site_id: 'xxx', 'content.de': {$exists : false}}, {$set: {'content.de': ''}}, {multi: true})
