Creo que findOneAndUpdate lleva a cabo una operación atómica, por lo que asumo que updateOne no lo hace.
¿Por qué estás asumiendo eso?
findOneAndUpdate devuelve un documento mientras que updateOne no lo hace (simplemente devuelve el _id si ha creado un nuevo documento).
Creo que esa es la principal diferencia. Así que el caso de uso de updateOne es cuando no necesita el documento y desea ahorrar un poco de tiempo y ancho de banda.
