Podrías ejecutar __toString o utilice la función sec campo
__toString devolverá una marca de tiempo en usecs, que puede pasar a date() después de separar los segundos de los milisegundos, lea aquí:https://us1.php.net/manual/en/mongodate.tostring.php
O, personalmente, prefiero que mongodb devuelva solo los segundos, que se pueden conectar directamente a date() - lea aquí:https://php.net/manual/en/class.mongodate.php
Además, si está generando una MongoDate() en este momento, no necesita especificar time();
Para devolver un isodate, debe hacer esto:
echo date(DATE_ISO8601, (new MongoDate())->sec);
...
$exampleDate = new MongoDate();
echo date(DATE_ISO8601, $exampleDate->sec);
EDITAR:para guardar su fecha ISO, debe hacer lo siguiente:
$mongoDateObject = new MongoDate(strtotime("2012-11-02T08:40:12.569Z"));