Ese error significa que está tratando de usar un nombre de campo que no es válido en MongoDB; sería un nombre de campo con un punto (".") o un nombre de campo que contenga un signo de dólar.
$set se usa para reemplazar un campo en su totalidad, por lo que lo que tiene arriba dice "reemplace el contenido de commitCount campo con el documento {$add: ['$commitCount', 1]} ", que es un documento no válido.
Para incrementar o disminuir atómicamente el valor de un campo (asumiendo que el valor actual del campo es un número) use el $inc modificador:
db.deal.update({dealId: 201}, {$inc: {commitCount: 1}})
