Actualmente, eso no es posible con el índice TTL. Mongod eliminará todo el documento después de un número específico de segundos o en un horario de reloj específico.
Recomendaría que almacene el subdocumento de sesión en una colección separada y agregue un índice TTL en esa colección.
Si no puede cambiar su esquema, la alternativa es crear un trabajo en segundo plano que eliminará los documentos anidados de su colección cada 60 segundos.
