Spring Data MongoDB cómo asignar el tiempo de caducidad mediante programación

Puedes hacerlo usando @Indexed expireAfterSeconds de la anotación atributo sobre un campo cuyo tipo es Date .Aproximadamente:

@Document
public class SomeEntity {

    String id;

    @Field
    @Indexed(name="someDateFieldIndex", expireAfterSeconds=3600)
    Date someDateField;

   // rest of code here

}

O manipulando un MongoTemplate :

mongoTemplate
    .indexOps(SomeEntity.class)
    .ensureIndex(new Index().on("someDateField", Sort.Direction.ASC).expire(3600));