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¿Cómo puede depurar las funciones de javascript almacenadas en MongoDB?

No hay una instalación especial para eso. Una cosa que podría hacer es ejecutar parte de ese código en el shell de mongo, que puede ejecutar exactamente el mismo javascript que el servidor. El shell no tiene un depurador, pero con su aviso interactivo sería mucho más fácil probar cosas, inspeccionar variables, etc.

Personalmente, no recomendaría necesariamente mover el código al servidor. Tenga en cuenta que es posible enviar varias operaciones de escritura (como inserciones) en una fila y luego, después de enviar varias, solicite un solo reconocimiento. Por lo tanto, ese escenario no es necesariamente lento incluso si hay una latencia de red no trivial.

Alternativamente, podría ejecutar el código C# en el mismo servidor que el proceso mongod y, por lo tanto, obtener una latencia extremadamente baja en las respuestas de las solicitudes. Una forma de hacerlo sería crear un servidor web que esté escrito en C# y encapsule la lógica sugerida anteriormente.