MongoDB oplog tiene registros con puntos en los nombres clave, que no se pueden consultar, de hecho

Tiene razón, hay algunas inconsistencias en la implementación del registro de operaciones de MongoDB que permite un formato de documento para cada registro de operaciones que técnicamente no permite consultar dicho documento en consecuencia.

Ni siquiera es posible insertar la misma entrada, ya que tiene un nombre de campo $set:

db.tmp2.insert({ 
    "ts" : Timestamp(1450117240, 1), 
    "h" : NumberLong(2523649590228245285), 
    "v" : NumberInt(2), 
    "op" : "u", 
    "ns" : "test.tmp", 
    "o2" : {
        "_id" : ObjectId("566f069e63d6a355b2c446af")
    }, 
    "o" : {
        "$set" : {
            "b.d" : NumberInt(4)
        }
    }
})

2015-12-14T10:27:04.616-0800 E QUERY    Error: field names cannot start with $ [$set]
    at Error (<anonymous>)
    at DBCollection._validateForStorage (src/mongo/shell/collection.js:161:19)
    at DBCollection._validateForStorage (src/mongo/shell/collection.js:165:18)
    at insert (src/mongo/shell/bulk_api.js:646:20)
    at DBCollection.insert (src/mongo/shell/collection.js:243:18)
    at (shell):1:9 at src/mongo/shell/collection.js:161

y el b.d no es válido para una clave

db.tmp.update({ a: 1 }, { $set: { 'b.d': 4 } }, { upsert: true })
WriteResult({ "nMatched" : 1, "nUpserted" : 0, "nModified" : 1 })

db.oplog.rs.find()


db.tmp2.insert({ 
    "ts" : Timestamp(1450117240, 1), 
    "h" : NumberLong(2523649590228245285), 
    "v" : NumberInt(2), 
    "op" : "u", 
    "ns" : "test.tmp", 
    "o2" : {
        "_id" : ObjectId("566f069e63d6a355b2c446af")
    }, 
    "o" : {
        "set" : {
            "b.d" : NumberInt(4)
        }
    }
})

2015-12-14T10:23:26.491-0800 E QUERY    Error: can't have . in field names [b.d]
    at Error (<anonymous>)
    at DBCollection._validateForStorage (src/mongo/shell/collection.js:157:19)
    at DBCollection._validateForStorage (src/mongo/shell/collection.js:165:18)
    at DBCollection._validateForStorage (src/mongo/shell/collection.js:165:18)
    at insert (src/mongo/shell/bulk_api.js:646:20)
    at DBCollection.insert (src/mongo/shell/collection.js:243:18)
    at (shell):1:9 at src/mongo/shell/collection.js:157

Tal vez se deba registrar un problema de Jira que recomiende una sintaxis con la búsqueda $set que se debe establecer como un valor:

{ 
    "ts" : Timestamp(1450117240, 1), 
    "h" : NumberLong(2523649590228245285), 
    "v" : NumberInt(2), 
    "op" : "u", 
    "ns" : "test.tmp", 
    "o2" : {
        "_id" : ObjectId("566f069e63d6a355b2c446af")
    }, 
    "o" : {
        "$set" : {
            "key" : "b.d"
            "value" : NumberInt(4)
        }
    }
}

Actualización:se creó un problema de Jira para esto:

https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-21889