1. Sí, es correcto.
2. No, es mejor darle a mongodb tanto espacio en disco como sea posible (si mongodb puede asignar más espacio que menos fragmentación de disco tendrá, además, la asignación de espacio adicional es una operación costosa). Pero si lo desea, puede ejecutar db.repairDatabase() desde mongodb shell para reducir el tamaño de la base de datos.
3. Sí, puede ejecutar repairDatabase en una instancia mongodb en vivo (es mejor ejecutarlo sin horas pico)