No creo que esto sea posible directamente, pero una posible solución es codificar el documento.
al guardar, siempre crea un hash del documento:
var doc = {};
delete doc.hash; // never include the hash itself in the calculation
doc.hash = crypto.createHash('sha256').update(JSON.stringify(doc)).digest();
db.collection.insert(doc);
Luego, al consultar, puede consultar por hash:
db.collection.find({
hash: hash
})
puede ser molesto si realiza actualizaciones atómicas en el documento con frecuencia.