El problema es que mangoose todavía usa collection.ensureIndex y debería ser actualizado por ellos en un futuro próximo. Para deshacerse del mensaje, puede degradar usando la versión 5.2.8 en su paquete.json (y eliminar cualquier caché, el último recurso es desinstalarlo e instalarlo con npm install [email protected] ):
EDITAR: A partir de esta edición, Mongoose ahora está en v5.4.13. Según sus documentos, estas son las correcciones para las advertencias de obsolescencia...
mongoose.set('useNewUrlParser', true);
mongoose.set('useFindAndModify', false);
mongoose.set('useCreateIndex', true);
