Podrías hacerlo comprimiendo una de las dimensiones, pero perderías la mitad de tu precisión.
Diga si fueran claves de 64 bits y quisiera almacenar tres coordenadas de 32 bits:[(x <<32) + y, z]
Diablos, incluso puedes intercalar tres y almacenarlo en una clave:
xxx
aaaa
zzz
xyzxyzyz