MongoDB filtra el contenido de la matriz de objetos según el miembro del objeto

Puede comparar qTyIn con undefined dentro de $filter :

db.collection.aggregate([
    {
        $addFields: {
            transactions: {
                $filter: {
                    input: "$transactions",
                    cond: {
                        $ne: [ "$$this.qtyIn", null ]
                    }
                }
            }
        }
    }
])

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