¿Cuál es la mejor práctica para conectarse/desconectarse de una base de datos?

Su mejor práctica es tener su conexión db en un módulo separado (db.js)

var mongoose = require('mongoose')

mongoose.connect('mongodb://localhost/dbname', function(){
    console.log('mongodb connected')
})
module.exports = mongoose

Cada modelo debe tener un módulo separado que admita la conexión db (post.js)

var db = require('../db.js')
var Post = db.model('Post', {
    username: {type: String, required: true},
    body: {type: String, required: true},
    date: { type: Date, required: true, default: Date.now }  
})

module.exports = Post

Luego, cada vez que necesite usar ese conjunto de datos, simplemente solicítelo y haga llamadas

var Post = require('/models/post')
Post.save()
Post.find()