Intenté concatenar la expresión regular y luego pasarla a la consulta de mongo en lugar de la expresión regular dentro de la consulta junto con la eliminación de las comillas y eso pareció funcionar. espero que ayude a alguien más que haya tenido problemas similares
$cats = ['news', 'life', 'humor'];
foreach($cats as $cat){
$prefix = '/^';
$suffix = '/'; // prefix and suffix make up the regex notation for text that starts with
$category = $prefix . 'www.foo.com/' . $cat . $suffix;
$articles = db()->articles->find(['link' => array('$regex'=>new MongoRegex($category))]);
}