Actualmente (MongoDB 3.2) la agregación no es compatible con las estadísticas de ejecución, con la opción de explicación en la agregación obtiene algunos datos relacionados con la consulta, pero no contiene estadísticas de ejecución. Está propuesta y puedes consultar su estado aquí
https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-19758
Por favor, vote a favor del problema si desea implementar esto pronto.
