Para cualquier persona con este problema que intente insertar ObjectIds desde JSON, ES muy posible con un poco de modificación en los datos existentes.
Reemplazar:
{ "_id" : ObjectId("5143afc66d44e1ceb372121e"),
"student_id" : ObjectId("5143af326d44e1ceb372121d"),
"name" : "II-4" }
Con:
{ "_id" : {"$oid":"5143afc66d44e1ceb372121e"},
"student_id" : {"$oid":"5143af326d44e1ceb372121d"},
"name" : "II-4" }
Simplemente use una expresión regular para reemplazar la envoltura ObjectId.