Consulta por tipo de matriz - MongoDB

Este es el comportamiento esperado. Simplemente puede hacer esto usando la "dot notation" y el $exists operador

db.hello.find({ 'hobbies.0': { '$exists': true } } )

Otra forma de hacerlo es mediante la agregación y $isArray operador disponible en MongoDB 3.2. Pero esto es menos eficiente porque $redact hace un escaneo de colección.

 db.hello.aggregate([ 
    { "$redact": { 
        "$cond": [
             { $isArray: "$hobbies" }, 
             "$$KEEP", 
             "$$PRUNE" 
        ]
    }}
])