Puedes usar $addToSet operador para verificar que existe antes de agregar el elemento a la matriz.
db.tags.update(
{name: 'sport'},
{$addToSet: { videoIDs: "34f54e34c" } }
);
En este ejemplo de declaración de actualización, mongoDB encontrará el documento TAG que coincide con name == sport y luego verifique si los videoIDs matriz contiene 34f54e34c . Si no, agréguelo a la matriz.
Uso detallado de $addToSet lea aquí
.