¿Cómo obtener una instancia de db del controlador nativo de node-mongo?

Podrías escribir un contenedor, un nuevo módulo donde almacenas la instancia de db, algo similar a esto:

//db.js
var HOSTNAME = ...
var PORT = ...

var db = module.exports = {};
var instance;

db.connect = function (){
    ...
    instance = <db_instance>;
};

db.disconnect = function (){
    ...
    instance = null;
};

db.instance = function (){
    return instance;
};

Ahora, cada vez que necesite la instancia de base de datos, recupérela haciendo:

var db = require ("./path/to/db");
db.instance ();