Como se menciona en los comentarios de @JuanCarlosFarah y @RobertMunn , GridFS parece ser el mejor (¿y quizás el único?) forma de insertar archivos en la base de datos sin escribir una pequeña aplicación.
mongofiles -d myMongoDB -l myFileName.ogg --type audio/ogg put "The Name of my File in the Collection"
Ver mongofiles para más detalles.
