Intenta arreglar la versión del paquete:
[DoctrineMongoDBBundle]
git=http://github.com/symfony/DoctrineMongoDBBundle.git
target=/bundles/Symfony/Bundle/DoctrineMongoDBBundle
version=v2.0.0
Y recuerda usar siempre bin/vendors install
— no bin/vendors update
. A menos que estés desarrollando Symfony, por supuesto.