Node.js MongoDB Find con proyección para excluir _id aún lo devuelve

Para limitar los campos tienes que usar fields opción (no sé acerca de nuevas actualizaciones):

dbase.collection("customers").find({}, {
    fields: { _id: 0 }
}).toArray(function(err, result) {
    if (err) throw err;
    console.log(result);
    db.close();
});

ACTUALIZAR:

Para la versión> 3 tienes que usar projection opción en su lugar:

dbase.collection("customers").find({}, {
    projection:{ _id: 0 }
}).toArray(function(err, result) {
    if (err) throw err;
    console.log(result);
    db.close();
});