¿Cómo puedo alterar varios objetos con MongoDB y Node.js?

Utilice el bulkWrite API para realizar las actualizaciones:

var bulkUpdateOps = genres.map(function(doc) {
    return {
        "updateOne": {
            "filter": { "_id": doc.id },
            "update": { "$set": { "name": doc.name } },
            "upsert": true
        }
    };
});

db.collection('genres').bulkWrite(bulkUpdateOps, function(err, r) {
    // do something with result
})

Si está tratando con matrices más grandes, es decir,> 1000, considere enviar las escrituras al servidor en lotes de 500, lo que le brinda un mejor rendimiento ya que no está enviando todas las solicitudes al servidor, solo una de cada 500 solicitudes:

var bulkUpdateOps = [],
    counter = 0;

genres.forEach(function(doc) {
    bulkUpdateOps.push({
        "updateOne": {
            "filter": { "_id": doc.id },
            "update": { "$set": { "name": doc.name } },
            "upsert": true
        }
    });
    counter++;

    if (counter % 500 == 0) {
        db.collection('genres').bulkWrite(bulkUpdateOps, function(err, r) {
            // do something with result
        });
        bulkUpdateOps = [];
    }
})

if (counter % 500 != 0) {
    db.collection('genres').bulkWrite(bulkUpdateOps, function(err, r) {
        // do something with the result
    });
}