Esquema del modelo Mongoose con matriz de referencia:CastError:Falló la conversión a ObjectId para el valor [objeto Objeto]

El esquema de su artículo espera una matriz de ObjectId :

var ArticleSchema = new Schema({
  ...
  categories: [{ 
    type: Schema.Types.ObjectId, 
    ref: 'Category' }]
});

Sin embargo, req.body contiene un objeto de categoría:

categories:
   [ { _id: '53c934bbf299ab241a6e0524',
     name: '1111',
     parent: '53c934b5f299ab241a6e0523',
     __v: 0,
     subs: [],
     sort: 1 } ]

Y Mongoose no puede convertir el objeto de categoría en un ObjectId . Es por eso que obtienes el error. Asegúrate de categories en req.body solo contiene identificadores:

{ title: 'This is title',
  content: '<p>content here</p>',
  categories: [ '53c934bbf299ab241a6e0524' ],
  updated: [ 1405697477413 ] }