Sí, puede especificar el nombre de la base de datos en su cadena de conexión.
db = mongoose.connect('mongodb://localhost/dbname1')
Tan pronto como cree un registro con esa conexión, creará la nueva base de datos y colecciones con el nombre de base de datos de 'dbname1'. Si desea crear una nueva base de datos, puede especificar una cadena de conexión diferente:
db = mongoose.connect('mongodb://localhost/dbname2')
y eso creará todos sus registros bajo el nombre 'dbname2'. Sus documentos no se importarán a dbname2, tendrá que importar esos registros si desea hacerlo. Espero que ayude.