Llamar a un procedimiento almacenado a través de PHP en MongoDB

¿Estás seguro de que estás usando la misma base de datos? Intente simplificarlo a un ejemplo básico, por ejemplo,

$m = new Mongo();
$db = $m->foo;

$db->system->js->save(array("_id"=>"archiveMessages", 
   "value"=>new MongoCode("function() { return 3; }")));

print_r($db->execute("archiveMessages()"));

Resultados en:

Array
(   
    [retval] => 3
    [ok] => 1
)