Para el controlador Mongodb-java:
Use el método updateOne para actualizar un solo documento dentro de la colección según el filtro,
collection.updateOne(searchQuery, updateQuery );
Use el método updateMany, para actualizar varios documentos dentro de la colección según el filtro,
collection.updateMany(searchQuery, updateQuery );
Ejemplo,
MongoClient client = new MongoClient("localhost",27017);
MongoDatabase db = client.getDatabase("TestDB");
MongoCollection<Document> collection = db.getCollection("test");
Document query = new Document();
query.append("_id","test");
Document setData = new Document();
setData.append("status", 1).append("instagram.likes", 125);
Document update = new Document();
update.append("$set", setData);
//To update single Document
collection.updateOne(query, update);