Tuve el mismo problema con mongo 3.0.0 y 3.1.9 con una base de datos relativamente pequeña (12 GB).
Después de perder aproximadamente 4 horas de tiempo en esto, encontré una solución usando oculto parámetro
mongorestore --batchSize=10
donde el número varía dependiendo de la naturaleza de sus datos. Comienza con 1000.
