Los documentos incrustados solo pueden existir como elementos en una matriz. Eso es por diseño, puede preguntar a los autores por sus razones :)
Es posible que desee utilizar un DBRef :
Person = new Schema
mother: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
father: { type: Schema.ObjectId, ref: 'Person' }
(Tenga en cuenta que no necesita el add llamar)
Consulte los docs para populate/DBRef .
