Agrupar por día con múltiples campos de fecha

También puede dividir los documentos en el origen, esencialmente combinando cada valor en una matriz de entradas por "tipo" para "entrada" y "salida". Puede hacer esto simplemente usando $map y $cond para seleccionar los campos, luego $unwind la matriz y luego determine qué campo "contar" nuevamente al inspeccionar con $cond :

collection.aggregate([
  { "$project": {
    "dates": {
      "$filter": {
        "input": { 
          "$map": {
            "input": [ "in", "out" ],
            "as": "type",
            "in": {
              "type": "$$type",
              "date": {
                "$cond": {
                  "if": { "$eq": [ "$$type", "in" ] },
                  "then": "$inDate",
                  "else": "$outDate"
                }
              }
            }
          }
        },
        "as": "dates",
        "cond": { "$ne": [ "$$dates.date", null ] }
      }
    }
  }},
  { "$unwind": "$dates" },
  { "$group": {
    "_id": {
      "year": { "$year": "$dates.date" },
      "month": { "$month": "$dates.date" },
      "day": { "$dayOfMonth": "$dates.date" }
    },
    "countIn": {
      "$sum": {
        "$cond": {
          "if": { "$eq": [ "$dates.type", "in" ]  },
          "then": 1,
          "else": 0
        }
      }
    },
    "countOut": {
      "$sum": {
        "$cond": {
          "if": { "$eq": [ "$dates.type", "out" ]  },
          "then": 1,
          "else": 0
        }
      }
    }
  }}
])

Esa es una forma segura de hacer esto que no corre el riesgo de romper el límite de BSON, sin importar el tamaño de los datos que le envíe.

Personalmente, preferiría ejecutar procesos separados y "combinar" los resultados agregados por separado, pero eso dependería del entorno en el que se esté ejecutando, que no se menciona en la pregunta.

Para un ejemplo de ejecución "paralela", puede estructurar en Meteor en algún lugar a lo largo de estas líneas:

import { Meteor } from 'meteor/meteor';
import { Source } from '../imports/source';
import { Target } from '../imports/target';

Meteor.startup(async () => {
  // code to run on server at startup

  await Source.remove({});
  await Target.remove({});

  console.log('Removed');

  Source.insert({
    "_id" : "XBpNKbdGSgGfnC2MJ",
    "po" : 72134185,
    "machine" : 40940,
    "location" : "02A01",
    "inDate" : new Date("2017-07-19T06:10:13.059Z"),
    "requestDate" : new Date("2017-07-19T06:17:04.901Z"),
    "outDate" : new Date("2017-07-19T06:30:34Z")
  });

  console.log('Inserted');

  await Promise.all(
    ["In","Out"].map( f => new Promise((resolve,reject) => {
      let cursor = Source.rawCollection().aggregate([
        { "$match": { [`${f.toLowerCase()}Date`]: { "$exists": true } } },
        { "$group": {
          "_id": {
            "year": { "$year": `$${f.toLowerCase()}Date` },
            "month": { "$month": `$${f.toLowerCase()}Date` },
            "day": { "$dayOfYear": `$${f.toLowerCase()}Date` }
          },
          [`count${f}`]: { "$sum": 1 }
        }}
      ]);

      cursor.on('data', async (data) => {
        cursor.pause();
        data.date = data._id;
        delete data._id;
        await Target.upsert(
          { date: data.date },
          { "$set": data }
        );
        cursor.resume();
      });

      cursor.on('end', () => resolve('done'));
      cursor.on('error', (err) => reject(err));
    }))
  );

  console.log('Mapped');

  let targets = await Target.find().fetch();
  console.log(targets);

});

Lo que esencialmente va a salir a la colección de destino como se mencionó en comentarios como:

{
        "_id" : "XdPGMkY24AcvTnKq7",
        "date" : {
                "year" : 2017,
                "month" : 7,
                "day" : 200
        },
        "countIn" : 1,
        "countOut" : 1
}