Cuando realiza una sincronización inicial desde cero en una secundaria, escribe todos los datos nuevos. Esto elimina el relleno, el espacio vacío (datos eliminados), etc. Como resultado, en ese sentido es similar a ejecutar una reparación.
Si ejecutó una reparación en el principal (operación de bloqueo, solo si es absolutamente necesario), entonces los dos estarían mucho más cerca en general.
Si verifica la salida de db.stats() debería ver que las distintas bases de datos tienen el mismo número de objetos, las diferencias de tamaño del directorio de datos no son motivo de preocupación.
