Porque esta consulta encuentra el documento en el shell:
db.getCollection('stories').find({_id:'572f16439c0d3ffe0bc084a4'})
Eso significa que el tipo de _id en el documento es en realidad una cadena, no un ObjectId como Mongoose está esperando.
Para encontrar ese documento usando Mongoose, tendrías que definir _id en el esquema de Story como:
_id: { type: String }
