Mongoose expira los datos pero se mantienen en la base de datos

Debe utilizar el concepto de referencia de esquema para esto. Guarde su caducado campo en otra tabla y únase a su user_table principal y expire_table (wnombre de ejemplo)

var UserSchema = new Schema({
    name: String,
    email: String
});

//save date by-default
//expire in 1 min as in your example
var expireSchema = new Schema({
    createdAt: { type: Date, default: Date.now, expires: '1m'  },
    user_pk: { type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'user_expire'}
});

var userTable = mongoose.model('user_expire', UserSchema);
var expireTable = mongoose.model('expireMe', expireSchema);

//Save new user
var newUser =  new userTable({
    name: 'my_name',
    email: 'my_email'
});

newUser.save(function(err, result) {
    console.log(result, 'saved')
    var newExpire =  new expireTable({
        user_pk:result._id
    });
    //use _id of new user and save it to expire table
    newExpire.save(function(err, result) {
        console.log('saved relation')
    })
})

Ahora para detectar si la sesión ha expirado o no

1. al ejecutar este código antes de que caduquen los datos

expireTable.findOne()
.populate('user_pk')
.exec(function (err, result) {
    if (err) throw err;
    console.log(result)
    if(result == null) {
        console.log('session has expired, renew session')
    } else {
        console.log('session is active')
    }
});

//output - session is active

2. al ejecutar este código después de que caduquen los datos

expireTable.findOne()
.populate('user_pk')
.exec(function (err, result) {
    if (err) throw err;
    console.log(result)
    if(result == null) {
        console.log('session has expired, renew session')
    } else {
        console.log('session is active')
    }
});

//output - session has expired, renew session