Consulte la sección 'Actualización de referencias' de Mongoose documentación sobre poblar .
Verá allí, en el ejemplo, que aún debe guardar tanto la Request y User documentos que ha creado. (En el ejemplo, primero guardan el usuario 'guille' y luego en la devolución de llamada guardan la 'historia'. )
En Mongoose, SubDocs
guardar cuando un documento principal guarda pero .populate no hace esto.