Puede configurar los parámetros de conexión por uri.
spring.data.mongodb.uri=mongodb://localhost:27017/?connectTimeoutMS=300000&minPoolSize=0&maxPoolSize=10&maxIdleTimeMS=900000
Consulte la siguiente documentación para conocer otros parámetros.
https://docs.mongodb.com/manual/ referencia/cadena-de-conexión/#conexiones-opciones-de-conexión