Su terminología está mal ya que esa estructura no es una matriz "multidimensional", ya que tienen "matrices dentro de matrices", por lo tanto, "dimensiones". Estos son solo "objetos" dentro de una matriz.
Entonces, su problema aquí es un caso básico de tener los argumentos al revés. No necesita $in
solo para buscar una matriz, sino que se necesita una "lista/matriz" de argumentos para aplicar al campo.
En resumen, simplemente busque el campo y use "dot notation" :
.find({ "subRegions.code": regionCode }).exec(...);
Solo necesitarías $in para esencialmente un $or condición, buscando valores alternativos para subRegions.code , por lo que no necesita eso cuando solo hay un valor para hacer coincidir.
