Al final, estás jodido. No hay de ninguna manera (en mongodb) para garantizar integridad de los datos en tal escenario, ya que carece de relaciones en general y de claves foráneas en particular. Y no tiene mucho sentido crear verificaciones a nivel de aplicación. No importa cuán elaborados sean, aún pueden fallar (por lo tanto, "no hay garantía").
Por lo tanto, se trata de incrustar (para que los datos relacionados siempre estén ahí, justo en el documento) o de abandonar la esperanza de obtener datos coherentes.
