$nin con $expr

$nin es un operador de consulta, no un operador de agregación y también $expr solo admite la aggregation operadores no la query unos. Entonces, probablemente deberías usar $not $in con el $expr expresión de esta manera

{
  "$match": {
    "$and": [
      {
        "$or": [
          {
            "Multi_User": {
              "$exists": False
            }
          },
          {
            "$expr": {
              "$not": { "$in": ["$CreatedBy", "$Multi_User"] }
            }
          }
        ]
      }
    ]
  }
}